これに対し、血行不良、外傷などによる細胞内外の環境の悪化によって起こる細胞死は、ネクローシス (necrosis) または
壊死(えし)と呼ばれ、これと区別される。Apoptosis の語源はギリシャ語の「apo-(離れて)」と「ptosis(下降)」に由来し、「(枯れ葉などが木から)落ちる」という意味である。
多細胞動物の生体内では、
癌化した細胞(そのほか内部に異常を起こした細胞)のほとんどは、アポトーシスによって取り除かれ続けており、これにより、ほとんどの
腫瘍の成長は未然に防がれていることが知られている。また、生物の
発生過程では、あらかじめ決まった時期、決まった場所で細胞死が起こり(
プログラムされた細胞死)、これが生物の形態変化などの原動力として働いているが、この細胞死もアポトーシスの仕組みによって起こる。例えばオタマジャクシから
カエルに
変態する際に尻尾がなくなるのはアポトーシスによる。
線虫では
発生において起こるアポトーシスがすべて記載されている。人の指の形成過程も、はじめ指の間が埋まった状態で形成し、それからアポトーシスによって指の間の細胞が予定死して指ができる。さらに
免疫系でも自己
抗原に反応する細胞の除去など重要な役割を果たす。
アポトーシスを開始させる細胞内の
シグナル伝達経路は主にこの線虫の遺伝学的研究から明らかになった。その後
線虫や
昆虫から
哺乳類まで多細胞
動物のアポトーシス経路には共通点が多いことが明らかとなった。これは非常に複雑に調節されるネットワークであるが、
カスパーゼと総称される一連の
プロテアーゼが中心的な働きをし、下流の
カスパーゼを順に開裂・活性化していくこと、また
ミトコンドリア(「アポトーシスの司令塔」)も重要な働きをなすことが特徴である。おおよそ次のようにまとめられる。
なお、多細胞動物の細胞内においても「カスパーゼに依存しないプログラム細胞死」(caspase-independent programmed cell death)の経路は存在している。