中央合同庁舎第5号館は、1973年(昭和48年)に予算化されたが、
オイルショックによる建設費急騰のために予算が他の庁舎の建設に回され、いったん建設が中止された。計画は、1978年(昭和53年)に再開され、第5号館は1983年(昭和58年)に竣工。
厚生省、環境庁、
労働省、
国土庁が入居した。
第5号館は、厚生労働省が入居している関係で、2006年4月より完全禁煙とされている。また、環境省が入居している関係で、2006年2月の1週間と、2006年12月1日から2007年3月末までの間、暖房を原則中止した。