・ JR東日本の路線名は正式な路線名とは異なる。東海道線は
東海道本線の
列車線を通る列車を指し、総武線(快速)は
総武本線の
快速列車系統を指す。山手線と京浜東北線は東海道本線(当駅以南)および
東北本線(当駅以北)の
電車線を通る列車の通称である。横須賀線は当駅 - 品川間で東海道本線の地下線を経由し、中央線は当駅 - 神田間で東北本線を経由するという扱いである。上越・山形・秋田・長野の各新幹線についても当駅 - 大宮間ではすべて列車の運転系統の名称である。すなわち、当駅に乗り入れるJR東日本の路線は東海道本線・東北本線・総武本線・京葉線・東北新幹線の5路線である。上記の路線のうち、東海道・東北の両新幹線と東海道本線・東北本線・総武本線・京葉線は当駅を起点としており、当駅構内にはこれら各線の0
キロポストが設置されている。
・ かつては当駅が中央本線の正式な起点であったが、当駅 -
神田間における東北本線との二重戸籍区間を解消するため、JRへの移行に伴い中央本線は神田駅が起点とされた。この中央線や当駅を拠点駅とする東海道・山陽新幹線および東北・秋田・山形・上越・長野新幹線を含め、当駅に乗り入れるすべてのJR線各列車に関し、正式には前述各線経由の乗り入れ列車という位置付けになっている。
・ また、JRでは当駅を「中央駅」と位置付けており、国鉄時代から列車の進行方向を示す「
上り・下り」の基点となっていた。現在、中央本線は当駅 - 神田間は戸籍上東北本線となっているが、起点であった当駅へ向かう列車が引き続き上りとされている
[なお、路線の形状や歴史的経緯により、出発する列車がすべて下り列車とされる駅がいくつか存在する(例:弥彦駅、武豊駅、門司港駅、若松駅)。]。なお、「中央駅」である当駅は
東京都区内および
東京山手線内各駅を発着するJR線長距離
乗車券の
運賃を算出するためのキロ数基準駅ともなっている(前者:201km以上、後者:101 - 200km)。
